Sağlık Bakanlığı Geleneksel ve Tamamlayıcı Tıp Uygulamaları Yönetmeliği ile sertifikalı hekimlerce yapabilmesinin yolu açılan ozon uygulamasının belki de en sık kullanım alanı kas iskelet sistemidir. Kullanılan gaz bileşiğinin %5 kadarını ozon, geri kalanını oksijen gazı oluşturur. Akut oksidatif stres oluşturduğu için, bir çeşit aşılama yöntemi olduğu da varsayılabilir. Bu yöntemin genel olarak, doğal anti-oksidan sistem, metabolik enzim ve hormon regülasyonu, koagülasyon, oksijenizasyon ve dolaşım düzeni, immün sistem, hücre rejenerasyonu üzerine etkileri olduğu düşünülmektedir. Tıbbi literatürde ozon tedavisi ile ilgili yayınlar son yıllarda artsa da halen kısıtlı sayıdadır. Tıbbi ozon tedavisinde esas hedeflere, doktorun doğru uygulama yöntemi ve hastaya uygun doz belirlenmesi ile ulaşılabilir. Bu bölümde, kas iskelet sistemi ağrılarında tıbbi ozon kullanımının temel prensipleri ele alınmaya çalışılmıştır.